Stjórn handknattleiksdeildar er kosin á aðalfundi ár hvert og fer með yfirstjórn og sameiginleg hagsmunamál eininganna tveggja sem deildin samanstendur af.
Þetta eru meistaraflokkar karla og kvenna undir stjórn deildarinnar og barna- og unglingaráð.
Einingarnar tvær eru reknar sem sjálfstæðar einingar, bæði skipulagslega og fjárhagslega en stjórn deildarinnar fjallar um ýmis mál sem snúa að knattspyrnudeild sem heild, svo sem aðstöðu, skipulags- og kynningarmál.